Źródła archeologiczne wskazują, że w miejscu obecnego miasta istniała już przed 3000 lat osada kultury łużyckiej, a przed 2500 laty osada kultury pomorskiej. Odkryto też ślady osadnictwa z okresu rzymskiego i wczesnego średniowiecza.
W wieku X u ujścia Zgłowiączki do Wisły rozwinęła się osada nadrzeczna, która na przełomie X i XI w. była warownym grodem książęcym. Znajdowała się tu osada rybacka oraz przeprawa przez rzekę i przystań rzeczna.
W latach 1123 – 1133 biskupi kujawscy przenieśli siedzibę biskupstwa z Kruszwicy do Włocławka.
W średniowieczu przyjętą nazwą był Włodzisław, następnie Włocław (Vladislavia).
Przed rokiem 1265 Włocławek uzyskał prawa miejskie od księcia kujawskiego Kazimierza.
Lata 1308 – 1332 to okres najazdów krzyżackich, które spowodowały całkowite zniszczenie miasta. Krzyżakom chodziło o zniszczenie ośrodka polskiego i o po zbycie się handlowej konkurencji dla krzyżackiego wówczas Torunia.
W 1339 r. Włocławek został powtórnie lokowany na prawie chełmińskim, przystąpiono do odbudowy spalonego miasta, Zbudowano nową katedrę (1340 – 1365).
Jeszcze dwukrotnie w latach 1392 i 1431 miasto pada ofiarą krzyżackich najazdów. Dopiero pokój toruński w 1466 r. uwolnił je od grozy napadów Krzyżaków. Nastąpił rozkwit Włocławka, który stał się głównym ośrodkiem wiślanego handlu zbożem i główną komorą celną na Wiśle. Wzrosła ilość spichlerzów zbożowych, w roku 1598 jest ich 27. Mieszczanie mieli własną flotę handlową i magazyny solne, w których gromadzili sól sprowadzaną z Bochni i Wieliczki. W tych warunkach Włocławek jako spichlerz urodzajnych Kujaw, Ziemi Dobrzyńskiej i Mazowsza szybko się bogaci. Równocześnie następuje rozkwit rzemiosła, młynarstwa i browarnictwa. Szczytowym objawem dobrobytu w owych czasach jest uzyskanie przez Włocławek drewnianych wodociągów.
W tutejszej szkole katedralnej, w latach 1489 – 1491 uczył się Mikołaj Kopernik u Mikołaja Wodki, byłego profesora uniwersytetu bolońskiego, specjalisty od zegarów słonecznych.
W 1657 r. miasto zostało przez Szwedów ograbione, spalone a wielu mieszkańców wymordowano. Odtąd wojny, epidemie i pożary często nawiedzają Włocławek.
W 1598 było 245 domów, 5 młynów, 25 spichrzów, w 1760 r. było 155 domów, 2 spichrze. Sytuacja poprawia się za panowania Stanisława Augusta Poniatowskiego.
W 1793 r. Włocławek dostał się w posiadanie Prus, a po kongresie Wiedeńskim wszedł w obręb Królestwa Polskiego. Po powstaniu listopadowy zaczęły się czasy carskiego ucisku. Krwawo stłumione zostaje we Włocławku powstanie styczniowe w 1863r. Wielu powstańców powieszono lub rozstrzelano, między innymi pułkownika Stanisława Becchiego.
W XIX w. następuje rozwój ekonomiczny Włocławka. Ówczesny przemysł naszego miasta znacznie przewyższał przemysł Torunia i Płocka.
Po wyzwoleniu Włocławka 12 listopada 1918 r. następuje dalszy rozwój miasta. Ale w 1920 roku podczas wojny Polsko-bolszewickiej Mieszkańcy wraz z wojskiem musieli stanąć w obronie swoje go miasta i ojczyzny, o czym świadczy dziś pomnik „Obrońców Wisły 1920″, postawiony w hołdzie poległym obrońcom naszego miasta. W latach 1917 – 1924 kształcił się we Włocławskim Seminarium Duchownym Ksiądz Stefan Wyszyński póĄniejszy Prymas Polski. W latach 1930 – 1939 łączy pracę kościelną, naukową z pracą społeczną.
II wojna światowa krwawo zapisuje się w historii naszego miasta oraz niszczony zostaje wieloletni dorobek gospodarczy i kulturalny. „Wyzwolenie” następuje bez walk 20 stycznia 1945 r.
Za czasów PRLu, powstaje wiele nowych fabryk, stopień wodny o mocy 160MW, nowe osiedla mieszkaniowe.
